Le mouvement indépendantiste né en 1967 dans certaines régions musulmanes de Mindanao a conduit à l’autonomie des musulmans dans quatre provinces de Mindanao, suite à la promulgation de la Loi organique de 1989 et au référendum tenu en vertu de la Constitution de 1987. En 1996, un accord de paix est signé entre le gouvernement de la République des Philippines (GRP) et le Front de libération nationale Moro (MNLF). Cet accord prévoit, entre autres, un processus d’autonomie dans les régions identifiées dans l’Accord de Tripoli.